Больничные палаты
Построенны в 1698г.
В конце XVIII века они были надстроены и переделаны под жилые помещения. При больничных палатах была церковь Трех Святителей, небольшая, с одной апсидой и двумя глухими восьмериками под главкой (схожими с трапезной Рождественской церковью).
Второй этаж палат после разрушений 1941 года был разобран, и больничную церковь также не стали восстанавливать. От нее остался основной объем, с которого начинался осмотр музея, а там, где раньше была апсида, долгие годы можно было увидеть полукруглый – по ее форме – бортик, за которым находился вход в музей.
По состоянию на 2016 год храм восстановлен.

Трапезные палаты
Построены в 1686-1692 гг., чуть раньше монастырских стен.
Сооружены на средства, пожертвованные царевной Татьяной Михайловной.

Квасной погреб
.

Иноплеменничья башня
Построена в 1690-94 годах.

Башня «Варуха»
Построена в 1690-94 годах. Ярусная конструкция монастырских башен выбрана для того, чтобы придать им сходство с силуэтом ротонды Воскресенского собора.

Ефремова башня
Построена в 1690-94 годах.
Хотя все монастырские башни обычно называют «гранёными», у Ефремовой башни гранёный только нижний ярус, а два верхних яруса имеют цилиндрическую форму.

Дамасская башня
Построена в 1690-94 годах.
Конструкция всех башен монастыря (за исключением Елизаветинской) однотипна: восьмигранный нижний ярус располагается вровень со стеной ограды. Далее идут два убывающих по объему яруса и кирпичный шатер со смотровой площадкой.